./configure --prefix /home/hoge/local/fuga
make
make install prefix=/home/hoge/local/fuga
とする. prefixをセットすることがポイント. アンインストールは/home/hoge/local/fugaを削除すればよい. configureが通らないなどがあるということは, どこかでroot権限を使っているという事. そういうソフトをつかうのはrootになれない環境ではそもそも利用できないのが自然だろう.