date -s "`w3m -dump https://ntp-a1.nict.go.jp/cgi-bin/time`"
hwclock -w
とする。上の w3m -dump ...というのは、nict.go.jpの時刻データをhttpsで拾ってきて、標準出力で出力させるコマンドであり、この標準出力をdateコマンドに渡している。最後のhwclock -wはハードウェア時計をソフトウェア時計に合わせる設定である。
ちなみに、リンク先についてはnictの技術情報から選んだものである。自分で都合のよいものを選べば良い。
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